رنگدانه های آلی و معدنی بر اساس منشاء و خواص شیمیایی آنها از هم متمایز می شوند.
منبع: رنگدانه های آلی از حیوانات، گیاهان، مواد معدنی یا ترکیبات آلی سنتز شده مصنوعی استخراج یا سنتز می شوند. رنگدانه های معدنی از سنگ معدن، مواد معدنی یا ترکیبات معدنی مصنوعی استخراج یا سنتز می شوند.
خواص شیمیایی: مولکول های رنگدانه های آلی معمولاً از ساختارهای پیچیده حاوی کربن تشکیل شده اند و رنگ آنها توسط ساختار شیمیایی ترکیب آلی تعیین می شود. مولکول های رنگدانه های معدنی معمولاً از عناصر معدنی تشکیل شده اند و رنگ آنها بر اساس خواص و ساختار عناصر تعیین می شود.
پایداری: رنگدانه های معدنی به طور کلی پایدارتر از رنگدانه های آلی هستند و در برابر نور، اسید، قلیایی و گرما مقاومت بیشتری دارند. رنگدانه های آلی ممکن است تحت شرایط خاصی شکسته یا تغییر رنگ دهند. محدوده رنگ: به دلیل تفاوت در ساختار شیمیایی، رنگدانه های آلی معمولاً دارای طیف رنگی گسترده تری هستند که امکان رنگ های زنده تر را فراهم می کند. رنگدانه های معدنی طیف رنگی نسبتاً باریکی دارند. زمینه های کاربردی: رنگدانه های آلی برای رنگ، رنگ، پلاستیک، کاغذ و سایر زمینه ها مناسب هستند. رنگدانه های معدنی به طور گسترده در سرامیک، شیشه، رنگدانه، پوشش و سایر زمینه ها استفاده می شود.

لازم به ذکر است که رنگدانه های آلی و معدنی هر دو مزایا و ویژگی های خاص خود را دارند و انتخاب رنگدانه برای استفاده به نیازهای کاربردی خاص و اثر مورد نظر بستگی دارد.